Нужна ли отдельная CMR-накладная на каждую партию в сборном грузе?

Да, как правило на каждую отдельную партию груза в составе сборной отправки оформляется своя CMR-накладная с указанием отправителя, получателя и характеристик груза, даже если физически груз едет в одной машине с другими партиями по маршруту.