Нужно ли переоформлять документы при железнодорожной перевозке из Германии в страны СНГ?

Да, при следовании между зоной действия CIM (Западная Европа) и СМГС (СНГ) на пограничной станции происходит переоформление накладной с одной системы на другую — это стандартная процедура, которую обычно берёт на себя экспедитор или оператор перевозки.